S’affranchir du testage pour mettre en marché des animaux reproducteurs : c’est la promesse tenue par la sélection génomique depuis près de 15 ans. À la fin des années 2000, il semblait inconcevable d’estimer le potentiel génétique d’un animal à partir d’une simple prise de sang. Cette évaluation reposait essentiellement sur la généalogie et les performances de la descendance. Il fallait donc user de patience.

La sélection génomique est venue changer la donne. Elle consiste à choisir des reproducteurs à partir d’une évaluation de leurs performances, de leur généalogie, et surtout des informations connues de leur génome. Les bovins laitiers ont été précurseurs en la matière. Les premières semences de « taureaux génomiques » ont été mises sur le marché français en 2010, en race prim’holstein. De quoi raccourcir l’intervalle entre générations et donner un coup d’accélérateur inédit à l’amélioration génétique.

« Les éleveurs ont dû changer leurs habitudes de travail, retrace Laurent Journaux, directeur de France Génétique Élevage (FGE). Exit les taureaux qui restent au catalogue pendant plusieurs années, à l’instar de l’emblématique Jocko Besne. À chaque sortie d’index, de nouveaux reproducteurs apparaissent. Cela nécessite donc un suivi régulier, et du conseil pour les plans d’accouplement ».

Accroître le potentiel

Cette méthode de sélection s’est étendue à d’autres races bovines, ovines, et caprines. « Même les vaches vosgiennes sont aujourd’hui génotypées. C’est sans doute la plus petite race du monde à utiliser la génomique ! », sourit le spécialiste. Car les éleveurs en ont rapidement compris l’intérêt pour accroître le potentiel de leur troupeau. « Il y a une réelle dynamique sur le terrain. Il y a dix ans, le coût de génotypage d’une femelle atteignait 130 €. Désormais, il ne dépasse pas 40 €, avec un simple prélèvement de cartilage. L’éleveur peut ensuite faire des choix de taureaux plus adaptés à ses objectifs lors de la mise à la reproduction, et recourir à la semence sexée. »

D’après Laurent Journaux, l’ « aboutissement ultime » de la sélection génomique a été atteint avec le « Single step », lancé l’an passé. « Cela permet de calculer les index en une seule étape, et de mieux prendre en compte les performances d’un animal ». Par ailleurs, des perspectives s’ouvrent avec l’identification de nouveaux caractères. Depuis le printemps 2022, un index génomique de résistance à la paratuberculose a été lancé en race prim’holstein. La normande lui emboîtera le pas prochainement.

« D’autres travaux sont en cours sur des index liés à l’efficacité alimentaire, l’adaptation au changement climatique, ou encore la fromageabilité du lait », complète le directeur de FGE. Le spectre n’a pas fini de s’élargir !

Vincent Guyot