Salmonellose : l’Anses défend les prélèvements d’environnement chez les pondeuses

Il est pertinent de maintenir l’association des prélèvements d’environnement aux prélèvements de fientes, comme le prévoit l’arrêté du 27 février 2023, estime l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation (Anses) dans un avis publié le 23 juin 2025. Ce dernier répond à une saisine de la Direction générale de l’alimentation (DGAL), qui souhaitait évaluer la pertinence du dispositif de dépistage français.

Toutes les 15 semaines

Contrairement à la réglementation européenne qui ne prévoit que des prélèvements de fientes, la France exige aussi des prélèvements d’environnement (poussière via chiffonnette) toutes les 15 semaines dans les élevages. Si cette approche vise à renforcer la détection, elle suscite néanmoins de vives discussions dans la filière, « au motif que ces prélèvements ne refléteraient pas, d’une part, l’état sanitaire du troupeau et, d’autre part, qu’ils induiraient une distorsion de concurrence vis-à-vis des professionnels des autres États membres », expliquent les auteurs de l’avis.

La mission confiée à l’Anses reposait sur quatre objectifs : évaluer la sensibilité des prélèvements d’environnement en fonction du type d’élevage (cages, volières, plein air) et de la taille des cheptels ; examiner la possibilité de supprimer ces prélèvements tout en conservant un niveau de détection équivalent ; déterminer les conditions de substitution ; proposer des recommandations pratiques sur les zones de prélèvement environnemental à cibler pour garantir l’efficacité du dispositif.

Les fientes seules ne suffisent pas

L’Anses assure que les poules pondeuses infectées n’excrètent pas toujours la bactérie de manière continue dans leurs fientes, mais plutôt de façon intermittente et à de faibles niveaux. Cela rend les prélèvements de fientes seuls peu sensibles (inférieurs à 40 % de chance de détection pour un troupeau infecté). Si la France devait se conformer strictement à la réglementation européenne et abandonner les prélèvements d’environnement, cela entraînerait donc une diminution significative de la sensibilité du dépistage.

Pour compenser cette perte de sensibilité, il faudrait, selon l’agence, augmenter le nombre de prélèvements de fientes. Afin d’atteindre une sensibilité supérieure à 90 % dans un troupeau infecté, il faudrait même réaliser au moins cinq prélèvements. Les experts recommandent de maintenir la sensibilité actuelle du dépistage, qui varie entre 70 % et 80 % selon les modes d’élevage et la taille du troupeau, tout en laissant la possibilité aux organisations professionnelles d’élaborer leur plan d’échantillonnage et de le faire valider par les autorités compétentes.

L’agence identifie aussi des imprécisions dans une instruction technique d’avril 2024. Celle-ci mentionne que « les prélèvements sont réalisés à l’intérieur des lieux d’hébergement des animaux » mais que plus généralement, « toutes les surfaces situées à l’intérieur de l’élevage peuvent faire l’objet d’un chiffonnage ». Cette imprécision expliquerait l’absence d’harmonisation des prélèvements d’environnement réalisés par les autorités compétentes et les professionnels, indiquent les auteurs de l’avis. L’Anses n’a donc pas pu recommander de types de surfaces prioritaires spécifiques, mais insiste sur l’importance de cibler les zones visiblement poussiéreuses, accessibles et représentatives du milieu de vie des animaux, avec une superficie d’au moins 1 m² par chiffonnette.

Concilier rigueur sanitaire et faisabilité

L’Anses recommande aussi plusieurs axes d’amélioration et de recherche pour l’avenir, comme l’amélioration de la qualité des données de dépistage en créant un identifiant unique pour chaque troupeau afin de mieux suivre leur statut sanitaire dans le temps. Elle insiste sur la nécessité d’approfondir les connaissances scientifiques, notamment pour les petits élevages (moins de 250 pondeuses), et les élevages en volière, actuellement moins bien couverts par les programmes de surveillance.

Enfin, elle propose d’approfondir les connaissances sur le séquençage génomique des souches de Salmonella pour mieux comprendre les liens entre les souches trouvées chez les poules, dans leur environnement, dans les œufs et chez l’humain.