La Cour des comptes appelle à recentrer FranceAgriMer sur certaines missions

Un milliard d’euros d’aides versées en 2024, 39 000 dossiers traités, et pourtant une organisation jugée à bout de souffle. Dans un rapport rendu public ce lundi 16 mars 2026, la Cour des comptes dresse un bilan critique de FranceAgriMer, l’établissement public placé sous la tutelle du ministère de l’Agriculture, qui gère les soutiens aux filières agricoles et agroalimentaires françaises. L’établissement est décrit comme étant « en perte de cohérence et d’autonomie » vis-à-vis de sa tutelle. Les auteurs identifient des dysfonctionnements structurels et formulent huit recommandations, tout en appelant à une réforme en profondeur.

Des missions qui s’étendent bien au-delà du mandat originel

Créé en 2009 par la fusion de plusieurs offices agricoles, FranceAgriMer a vu ses missions s’étendre bien au-delà de son mandat originel : la connaissance des marchés et l’accompagnement des filières. Il gère aujourd’hui des aides de crise, des programmes de recherche agricole, des fonds européens complexes et même une part du dispositif d’aide alimentaire nationale.

La Cour des comptes juge cette accumulation contre-productive. Elle relève un fonctionnement en « silos », sans pilotage transversal, et une perte de lisibilité pour les professionnels agricoles comme pour les services de l’État. Quelque 80 % des aides gérées par l’établissement le sont pour le compte de tiers, État ou Union européenne, ce qui, selon les magistrats, affaiblit son statut d’opérateur public autonome.

Des aides nationales insuffisamment contrôlées

Le rapport pointe une asymétrie dans les pratiques de contrôle. Les aides européennes, notamment celles du Fonds européen agricole de garantie (Feaga, le fonds qui finance les mesures de marché de la politique agricole commune), font l’objet de vérifications rigoureuses, sous peine de pénalités imposées par Bruxelles. Les aides nationales, en particulier les aides de crise destinées aux exploitants confrontés à des aléas climatiques ou sanitaires, échappent en revanche à un cadre de contrôle aussi systématique.

La Cour des comptes recommande l’élaboration et l’application d’un plan de contrôle annuel pour ces dispositifs. Elle préconise par ailleurs de sécuriser juridiquement la gestion des aides de crise en appliquant le régime des conventions de mandat, prévu par la loi de 2014, afin de clarifier les responsabilités respectives de l’État et de l’opérateur.

Le Casdar, un coût de gestion élevé

Parmi les points les plus détaillés du rapport figure la gestion des dispositifs financés par le Compte d’affectation spéciale pour le développement agricole et rural (Casdar). Ce fonds, alimenté par une taxe sur le chiffre d’affaires des exploitations agricoles, finance des programmes d’innovation portés par les instituts techniques, les chambres d’agriculture ou les organismes de sélection animale.

Le coût moyen de traitement d’un dossier Casdar par FranceAgriMer s’élève à 15 470 euros sur la période de 2016 à 2024, un niveau comparable aux aides européennes les plus complexes à instruire. La sélectivité des appels à projets est, elle aussi, mise en cause : le taux de succès atteint 71,9 % pour le volet « démultiplication » en 2024, là où les standards internationaux de la recherche et développement s’établissent en deçà de 30 %.

Ce chiffre révèle « une sélectivité insuffisante pour un coût de gestion élevé », souligne le rapport. La Cour des comptes conclut que FranceAgriMer n’apporte pas de valeur ajoutée avérée dans ce domaine et recommande de transférer cette mission à un organisme doté d’une expertise scientifique spécifique, comme l’Agence nationale de la recherche (ANR) ou BPI France.

Un réseau territorial à restructurer

FranceAgriMer dispose d’un réseau de délégations régionales dont l’organisation, héritée des anciens offices, est jugée peu cohérente. La Cour des comptes relève des disparités fonctionnelles importantes entre les territoires et une vulnérabilité des petites unités face aux « pics d’activité » générés par les successions de crises agricoles, climatiques et sanitaires.

Les magistrats notent que les baisses d’effectifs dans certains services territoriaux (jusqu’à –52 % en Bretagne) ont affaibli leur capacité opérationnelle. Ils soulignent la nécessité pour les unités d’atteindre une « taille critique suffisante ». Des pôles interrégionaux intégrés, « associant les fonctions de gestion et de contrôle, avec un niveau de délégation réelle à définir, pourraient être plus adaptés aux missions de l’établissement ».

Ce que la Cour ne remet pas en cause

Le rapport reconnaît les progrès accomplis par l’établissement dans la gestion des fonds européens et salue son rôle de « tiers de confiance » dans les procédures de certification et d’agrément sanitaire, indispensables aux exportateurs des filières agricoles et agroalimentaires.

La Cour des comptes reconnaît aussi l’expertise économique de FranceAgriMer : la production de données de référence sur les marchés agricoles, les analyses de filières, les études conjoncturelles et la cotation des produits constituent un savoir-faire reconnu, utile à la fois aux professionnels et aux pouvoirs publics pour orienter les politiques agricoles.

La Cour ne plaide donc pas pour une suppression de FranceAgriMer, mais pour un recentrage sur ses compétences fondamentales : production de données de marché, analyses économiques de filières, cotation des produits. Elle appelle le ministère de l’Agriculture à clarifier la stratégie de l’établissement et à en renforcer la gouvernance, notamment en redonnant toute sa place au Conseil d’orientation stratégique, créé en 2019 mais jusqu’ici cantonné aux seules questions budgétaires, loin des débats de fond sur l’avenir des filières.