Les premiers bordereaux de MSA devraient arriver dans les boîtes aux lettres, tandis que certains agriculteurs les ont déjà reçus en ligne. Face à toutes ces lignes de dépense, il est parfois difficile d'y trouver son compte. Pourtant, les cotisations sociales financent de nombreuses prestations sociales auxquelles ont droit les agriculteurs et leur famille, de l’enfance au grand âge.
La retraite, première prestation
Parmi les cotisations sociales les plus importantes, se cache une prestation : la retraite des agriculteurs et des salariés. C’est le premier poste de dépenses des prestations sociales versées par la MSA. Sur 100 € de prestations, plus de la moitié (53 €) finance les allocations des 3,3 millions de retraités (dont un tiers de non-salariés agricoles).
Les retraites sont financées par différentes cotisations : l’assurance vieillesse individuelle (AVI), l’assurance vieillesse agricole (AVA, plafonnée ou déplafonnée) et la retraite complémentaire obligatoire (RCO).
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La ligne « Assurance maladie » du bordereau de MSA recouvre, quant à elle, les cotisations sociales relatives à la santé. Elle finance les rendez-vous et soins médicaux, les indemnités des congés de maternité, de paternité et parental et les indemnités journalières de maladie ou d’accident de la vie privée (via les cotisations « Amexa »). Elle permet aussi la prise en charge des affections de longue durée (cancer, AVC, Parkinson…). C’est le deuxième poste de dépenses des cotisations, soit 42 € pour 100 € collectés auprès des adhérents de la MSA.
Bien loin derrière, seuls 4 € des cotisations sociales servent aux allocations logement, réinsertion et famille. Elles financent par exemple les allocations familiales, l’allocation de rentrée scolaire, le RSA et la prime d’activité.

Bien qu’importants dans le monde agricole, les accidents et maladies professionnelles représentent seulement 1 € sur les 100 des cotisations dédiées aux prestations (comme les rentes pour incapacité par exemple). La cotisation correspondante dite Atexa dépend du risque du secteur d’activité et du statut de l’agriculteur (chef d’exploitation à titre principal ou secondaire). Son montant est fixé par le gouvernement chaque année. En 2025, elle se hisse à 560 € en moyenne pour un éleveur ou un céréalier à titre principal.
Autrement, la MSA propose aussi des accompagnements spécifiques pour les agriculteurs en difficulté, comme l’aide au répit, l’aide au répit administratif ou des suivis psychologiques gratuits sur la plateforme Agri’écoute. Ils sont aussi financés par les cotisations sociales.
Un tiers des cotisations pour d’autres organismes
La MSA a une spécificité propre à son statut de « guichet unique » : c’est le seul organe qui recouvre, autrement dit qui collecte, des cotisations pour le compte de tiers. C’est donc important de « distinguer ce qui est collecté pour la MSA pour le monde agricole et ce qui est collecté pour le compte d’autres organismes, soit près d’un tiers de ce qui est demandé aux adhérents », appuie Anne-Laure Torresin, directrice générale de la MSA auprès de la France agricole.
D’abord, elle récolte des contributions générales pour le compte de l’État, identiques à celles du régime classique : la CSG (contribution sociale généralisée) et la CRDS (contribution pour le remboursement de la dette sociale). Comme leur nom l’indique, elles financent la protection sociale et la dette de la sécurité sociale. À partir du 1er janvier 2026, ces dernières seront réduites (lire encadré) en faveur d’une hausse des cotisations sociales, ouvrant aux agriculteurs plus de droits.
Solidarité professionnelle
D’autres montants sont prélevés spécifiquement pour le régime agricole. D’abord, chaque exploitant verse 20 € par an au Fonds national agricole de mutualisation du risque sanitaire et environnemental (FMSE).
Il permet d’accompagner financièrement les agriculteurs qui font face à une crise sanitaire. Par exemple, le FMSE a indemnisé 956 exploitations touchées par la FCO-8 en 2023, pour un montant de 4 millions d’euros.
Chaque année, la MSA récolte aussi 112 euros en moyenne par exploitant – le montant dépend des revenus — pour le Fonds VIVEA. Cet organisme permet à chaque agriculteur de bénéficier gratuitement de formations à hauteur de 3 000 € par an.
Au total, la MSA récolte des cotisations pour une vingtaine d’organismes, dont la plupart sont optionnelles ou dépendent du profil de l’agriculteur. Prévoyance santé, retraite complémentaire, interprofessions… Ce sont de lignes supplémentaires qui peuvent s’ajouter sur le bordereau d’appel des cotisations.
3 % pour le fonctionnement
Souvent mises en cause par les agriculteurs qui déplorent le montant des cotisations sociales, les charges de fonctionnement de la MSA représentent moins de 3 % du montant total des sommes récoltées par la MSA (2,23 % en 2024, d’après l’organisme). « Les coûts de gestion sont très bas. C’est tout à fait comparable à ce qui existe dans le régime général », assure Anne-Laure Torresin. Ils seraient même « significativement plus bas que ceux que l’on peut connaître dans la sphère assurantielle », ajoute Jean-François Fruttero, président de la MSA.
« Nous mettons un point d’honneur à conduire une gestion interne économe sans jamais renoncer à la politique de proximité qui nous caractérise », précise Anne-Laure Torresin.
Un déséquilibre structurel
Une partie des branches de la MSA est en déséquilibre financier à cause du déficit structurel de renouvellement des générations. « Au régime agricole, il y a un cotisant actif pour 2,3 retraités » non-salarié, explique Anne-Laure Torresin, directrice générale de la MSA. Les prestations familiales ne sont pas en reste.
« Les besoins de la population agricole en matière de prestations familiales sont similaires à ceux du régime général mais les rendements des cotisations sont inférieurs au besoin exprimé » pose Christine Deschène-Céard, directrice de la réglementation de la MSA. Au contraire, les dépenses de santé sont à l’équilibre avec « une consommation raisonnable de soins », tout comme les dépenses relatives aux accidents du travail et aux maladies professionnelles, puisque les cotisations sont calculées à partir des prestations versées.
L’État participe financièrement pour rééquilibrer les branches famille et retraite. Le « financement professionnel » (cotisations sociales et CSG) représente 23 % du budget total de la MSA.
« Ce sont les cotisations de tous qui permettent le versement des prestations à celles et ceux qui en ont besoin », rappelle Jean-François Fruttero. « Il s’agit ni plus ni moins du fondement même de la sécurité sociale. Et nous travaillons à simplifier les outils et services de notre système ». La réforme des assiettes de cotisations sociales qui entre en vigueur au 1er janvier sera, une première étape sur ce chemin de la simplification.