Faire du phénotypage à haut débit de manière automatisée à l’aide de l’imagerie en trois dimensions (3D), une idée qui pourrait bientôt devenir opérationnelle sur le terrain. C’est en tout cas l’ambition du consortium « Animal 3D » lancé en 2021 avec le projet expérimental Pheno 3D.

« Pheno 3D est le premier projet de ce consortium », regroupant l’Institut de l’élevage (Idele), Races de France, Eliance et Apis-gene (partenaire financier), s’est félicité Alban Crevecoeur, référent bovin croissance chez Eliance, à l’occasion d’une conférence au salon Space, à Rennes le 14 septembre 2023.

Le pointage des bovins s’automatise grâce à la 3D (25/10/2021)

Un premier scanner 3D de phéno-pointage

« Le contrôle de performance en France repose sur deux actions : la pesée, qui peut être réalisée par l’éleveur ou par le technicien grâce à des bascules agréées, et le pointage, qui est réalisé par des pointeurs sur des animaux âgés de 4 à 12 mois, explique Maxence Bruyas, chef de projet chez Eliance. Le pointage est une notation visuelle de dix-neuf points morphologiques communs aux races allaitantes. »

Toutefois, le pointage des veaux au sevrage devient difficile en raison d’un manque de techniciens, de coûts élevés, des conditions dans les zones de faible densité d’élevage et de la subjectivité des mesures. Toutes ces difficultés ont donc motivé le consortium pour développer le phéno-pointage.

C’est là qu’intervient le projet Pheno 3D. Le principe est simple, utiliser un scanner tridimensionnel pour automatiser la collecte du poids vif et de la morphologie (développement squelettique, développement musculaire et aptitudes fonctionnelles) des jeunes bovins allaitants. Pour ce faire, le consortium s’est appuyé sur l’expertise en matière d’imagerie de l’entreprise 3D Ouest pour la construction d’un prototype de scanner 3D mobile.

Les jeunes bovins passent sous le scanner qui est composé d'une structure métallique sur laquelle sont disposés une dizaine de caméras. ( ©  Eliance)

Depuis avril 2022, un premier scanner 3D adapté au phénotypage à haut débit a été mis en place sur le terrain. Ce scanner mobile se compose d’une structure de 3 mètres par 3 mètres sur laquelle sont disposés dix caméras et un laser de détection permettant une prise d’images automatique et sous différents angles de l’animal.

Vers l’automatisation des mesures de poids et de morphologie des veaux

Une fois le prototype de scanner livré par 3D Ouest, des mesures ont été réalisées sur de nombreux veaux de race charolaise dans plusieurs fermes. Des mesures manuelles ont été réalisées simultanément afin de valider le dispositif. Les équipes techniques du projet ont également créé un algorithme dans le but d’automatiser les calculs de mesures faits à partir des images 3D obtenues.

Les images 3D obtenues sont le résultat de l'assemblage informatique de l'ensemble des photos prises par le scanner au moment où l'animal le traverse. ( ©  Eliance)

Selon le consortium, les premiers résultats obtenus cet été sur la prédiction du poids vif de veaux charolais âgés de 4 à 12 mois sont encourageants. Si le modèle peut encore être amélioré, le consortium souhaite poursuivre ses travaux en élargissant le phénotypage à d’autres races allaitantes et en développant le dispositif pour la mesure des notes d’aptitudes fonctionnelles des animaux.

« Aujourd’hui, nous avons la validation d’un scanner 3D mobile qui permet un phénotypage à haut débit sur l’ensemble de l’animal. Nous allons élargir la collecte des données à d’autres races dans les prochaines semaines, en commençant par les races limousine et nlonde d’Aquitaine en novembre », souligne Maxence Bruyas.

Pour les parties prenantes du projet Pheno 3D, l’objectif est de disposer d’une solution déployable sur le terrain, à destination des éleveurs et des techniciens en bovins de races, pour la sélection des animaux sur des critères morphologiques.

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Laurine Mongenier