« Plus de races, plus d’index, et plus d’évaluations… C’est de la génomique pour tous ! », résume Philippe Boulesteix, chef de projet en sélection bovins allaitants à l’Institut de l’élevage, pour présenter la nouvelle méthode d’analyse génétique appelée single-step. De son nom, « une seule étape », elle consiste à simplifier les calculs d’index, et par la même occasion, réduire les biais d’erreur.

« Jusqu’ici, nous faisions une analyse polygénique des performances, puis génomique et enfin une combinaison des deux pour les animaux génotypés. Désormais, la méthodologie single-step analyse tout en un seul calcul, permettant de gommer certaines approximations et d’offrir des résultats plus fiables et cohérents avec la réalité », contextualise l’expert.

Moins de contraintes

Cette nouvelle méthode s’accompagne d’assouplissements possibles dans la collecte des performances en élevage, c’est donc « plus simple à mettre en place pour l’éleveur ». Philippe Boulesteix donne un exemple : « Dans l’idéal, il faudrait avoir le poids de naissance et le tour de poitrine de l’animal, mais il est maintenant possible de ne fournir qu’un des deux. Ce sont moins de contraintes qui pouvaient être un frein à la sélection avant. » Il en est de même du côté du poids âge-type. Les pesées lorsque les animaux sont au pâturage sont désormais limitées.

Plus de 50 index

Autre intérêt : « Toutes les données valides déclarées à la naissance ou issues des pesées sont désormais valorisées, ce qui n’était pas le cas jusqu’ici », souligne le chef de projet. Historiquement, 13 index de nature génomique étaient disponibles pour les races charolaise, limousine et blonde d’Aquitaine. « Cette méthode propose tous les index de type génomique, soit plus de 50 publiables, et potentiellement dans toutes les races. » Sept races sont volontaires pour développer cet outil dès 2025 (lire l’encadré ci-dessous). « Les races bazadaise et gasconne des Pyrénées n’ont pour le moment pas donné leur feu vert, mais pourront le décider plus tard. »

En revanche, ce passage au single-step ne sera pas sans effet sur les valeurs d’index actuelles. Des variations seront observées. Mais pas de panique, les corrélations resteront bonnes. « Les bons animaux le resteront. Il y aura des reclassements dus à la multiplicité des changements simultanés, ceci pour éviter des à-coups plusieurs années de suite. » De plus, la méthode précédente considérait que chaque individu contribuait de la même manière à l’estimation de la valeur génomique. « Ce n’est pas tout à fait vrai dans les faits. Désormais, le single-step permet de relativiser la valeur d’un animal qui est moins connu. »

La filière laitière a déjà mis en place cette méthode de calcul. Pour Philippe Boulesteix, c’est la suite logique en allaitant. « Ça fait partie de l’évolution de l’indexation pour fournir des index plus fiables. Ça va devenir la norme. » Un grand champ des possibles semble s’ouvrir : « Ces progrès méthodologiques permettent d’envisager la mise en place d’évaluations sur de nouveaux caractères avec plus de facilité qu’auparavant », se réjouit le chargé de projet.