« On entend souvent des éleveurs se dire satisfaits des performances de leurs animaux mais déçus des index associés, relate Sébastien Fritz, ingénieur génétique chez Allice, l’union des coopératives d’élevages et d’insémination animale. Par cette remarque, ils font le constat du biais existant dans l’évaluation génétique actuelle. »

Deux évaluations génétiques

L’heure est donc au recalibrage de la méthode de calcul des index (1). Depuis dix ans, deux évaluations génétiques se succèdent. La première sort des index polygéniques calculés sur pedigrees et performances (évaluation polygénique). La seconde complète et précise l’analyse avec de potentiels typages (évaluation génomique).

« L’évaluation polygénique part du principe que les performances moyennes de la descendance d’un bovin sont centrées sur son niveau génétique », explique le généticien. Mais la montée en puissance de la sélection génomique sur certaines races biaise cette hypothèse. N’intégrant pas cette information, l’évaluation polygénique considère que l’important gain de performances relève de facteurs non génétiques (conduites d’élevage, alimentation, etc.) et sous-estime les index. « Le biais ainsi créé se propage, puisque ces index polygéniques sont repris pour l’évaluation génomique », relève Sébastien Fritz.

Une seule étape

Avec la nouvelle évaluation génétique, dite « Single Step », tous les index sont calculés en une seule étape, à partir de toutes les informations disponibles à un instant donné (performances, généalogies et données génomiques). Le biais disparaît.

L’indexation « Single Step » va être déployée sur l’ensemble des races bovines d’ici 2023. La correction du progrès génétique, se traduisant par une revalorisation des index, sera d’autant plus importante que la sélection génomique est utilisée et que les animaux sont proches d’une population typée. C’est notamment le cas des grandes races laitières. Le changement se fera plus discret pour les animaux non génotypés ou issus de races ne faisant pas de sélection génomique.

« Certains taureaux confirmés vont potentiellement passer de + 900 kg à + 1 100 kg pour l’index lait par la correction d’un biais de 200 kg du jour au lendemain et sans avoir acquis de données supplémentaires. Cela peut être perturbant. Le référentiel évolue », prévient Sébastien Fritz.

Alexandra Courty

(1) Projet lancé en 2017 par l’UMT eBIS, en cours de déploiement en concertation avec les organismes et les entreprises de sélection dans le projet UniGéno.