La septoriose (Septoria linicola) se manifeste le plus souvent à partir de la floraison, sous forme de taches brunes allongées et au contour diffus. Les symptômes apparaissent sur les feuilles, puis gagnent les tiges, sur lesquelles des bandes alternées vertes et brunes se dessinent (aspect zébré). Le bas de la tige perd ses feuilles.

Il n’y a pas de seuil de risque pour la septoriose. L’apparition des premiers symptômes, de début floraison à maturité, constitue une alerte. Le risque est d’autant plus important que les conditions climatiques sont humides et douces au moment de la floraison.