La série M5000 comprend deux modèles, les M5091 et M5111. Ils remplacent les M8560 et M9960. Ces Kubota sont équipés d’un bloc 4 cylindres de 3,8 litres maison, pour lequel le constructeur annonce une puissance de 95 ou 113 ch. Ce bloc est couplé à une transmission mécanique synchronisée équipée d’un doubleur, pour délivrer trente-six rapports en avant comme en arrière. Ce doubleur s’actionne avec un seul bouton. Le deuxième bouton placé sur le levier est un débrayage électrique. Il permet de passer les vitesses sans embrayer à la pédale.