Le Haut-conseil pour le climat ne cache pas son scepticisme. Après les chocs à répétition subis par le monde agricole, souvent liés au changement climatique — inondations, sécheresses, maladies comme la dermatose nodulaire contagieuse — le ministère de l’Agriculture devrait selon lui changer de méthode. « La plupart du temps, il réagit à des crises et mobilise son budget pour cela, alors qu’il faudrait au contraire utiliser ces ressources pour financer des transformations majoritairement structurelles et faire baisser les émissions du secteur », déclare Jean-François Soussana, président du HCC, le 10 mars 2026.

Le méthane, premier gaz à effet de serre pour la fin du XXIe siècle

Il s’exprime à l’occasion de la présentation à la presse de l’avis de l’organisme sur le projet de SNBC 3 présenté par le ministère de la Transition écologique le 12 décembre 2025. Ce plan que le gouvernement espère voir définitivement publié au printemps 2026 doit permettre d’ajuster les budgets carbone 2024-2028 et 2029-2033, et d’arrêter le budget carbone de la période 2034-2038. Tout cela avec l’objectif ultime d’atteindre la neutralité carbone en 2050.

Pilier de la SNBC 3, l’agriculture française représente aussi la part des émissions de gaz à effets de serre la plus difficile à réduire puisqu’elle est majoritairement composée d’émissions de méthane issues de la fermentation lors de la digestion des ruminants, ou encore de la libération de protoxyde d’azote induite par la fertilisation des sols. Le HCC relève même « qu’en 2050, les émissions résiduelles de l’agriculture seront composées à 77 % de méthane », soit 33 millions de tonnes d’équivalent CO2 sur 43, « faisant de ce gaz le principal gaz à effet de serre émis en France durant la seconde moitié du XXIe siècle ».

Un meilleur pilotage des puits de carbone

Pour compenser ces émissions résiduelles, le président du HCC plaide d’abord pour « un meilleur pilotage des puits de carbone », qu’ils soient naturels ou technologiques, et recommande d’établir, dès le décret de la SNBC 3, des budgets et des cibles distincts. Ainsi, les puits dits biogéniques ou naturels liés aux processus biologiques dans la biomasse et les sols nécessiteraient « des moyens importants consacrés à l’adaptation des forêts au changement climatique » et au « renforcement de la séquestration de carbone dans les sols », pointe l’organisme.

Quant aux puits dits technologiques, consistant à stocker des gaz à effets de serre dans des réservoirs géologiques étanches sous terre, la SNBC 3 « ne les considère pas suffisamment », alors qu’ils pourraient permettre « de réduire les émissions du secteur de l’élevage ou bien d’aller plus vite sur le secteur des déchets », note Jean-François Soussana.

Par ailleurs, le conseil s’attarde sur la question de la biomasse qui devrait se retrouver « en forte tension » d’ici 2030. Valérie Masson-Delmotte, membre du HCC, juge ici les objectifs fixés par le gouvernement « excessivement ambitieux ». En effet, alors que les besoins de biomasse augmentent pour décarboner divers secteurs (biocarburants pour les transports, industrie, bâtiment), « le potentiel de production agricole et forestière risque de décroître sous l’effet du changement climatique », souligne la chercheuse. Aussi, afin d’éviter un recours accru aux importations, l’organisme recommande de « la sobriété dans les usages » et donc une stabilisation du trafic aérien plutôt que sa croissance.

Un effort de sobriété sur l’alimentation

Pour Jean-François Soussana, cet effort de sobriété doit également s’appliquer à « la question de l’alimentation ». Or la SNBC 3 « n’explicite pas les hypothèses d’évolution des régimes alimentaires et du cheptel français », bien qu’une baisse soit implicitement calculée dans les scénarios, « ce qui pose un souci de transparence ». Le cabinet de la ministre de la Transition écologique indique ici avoir intégré des évolutions de consommation dans ses scénarios, mais sans recherche de « rupture forte » ou de caractère « disruptif » par rapport à la situation actuelle.

Le HCC appelle enfin à « éviter l’augmentation des importations de produits animaux », et de manière plus générale à « réduire les émissions importées, qui représentent actuellement 46 % de l’empreinte carbone de l’alimentation en France ».

Selon le cabinet de la ministre de la Transition écologique, cet avis « reflète bien le travail réalisé par l’administration et le gouvernement », puisque le HCC salue tout de même « la cohérence de la stratégie avec les objectifs européens » de réduction des émissions de gaz à effets de serre. Le ministère affirme qu’il « essaiera de prendre en compte une partie des recommandations » du conseil, et rappelle que le texte est « toujours en phase de consultation ».