Non, le principe d'annualité des cotisations existe toujours. Il a été rappelé par la Cour de cassation dans un arrêt du 14 mars 2013. Dans l'affaire, l'ancien exploitant qui avait cessé son activité en mars refusait de payer les cotisations pour l'année entière.

Les juges ont estimé qu'il devait payer ces cotisations pour toute l'année. Ce principe est prévu à l'article L. 731-10-1 du code rural. Il conduit à appeler des cotisations aux chefs d'exploitation affiliés au 1er janvier de l'année. Il présente l'avantage d'exonérer de cotisations les exploitants en début d'activité.

Ceux installés postérieurement au 1er janvier ne sont pas redevables de cotisations pour l'année en cours, tout en bénéficiant du versement des prestations.

Cette règle est inspirée par le souci de favoriser l'installation des jeunes qui sont ainsi dispensés du paiement des cotisations au moment où ils ont à faire face à des investissements importants.

À l'inverse, les exploitants sont corrélativement redevables de la totalité des cotisations lors de l'année de cessation d'activité. Seules les personnes changeant d'activité professionnelle, et donc de régime d'affiliation, bénéficient d'un remboursement partiel des cotisations d'assurance maladie au prorata temporis des mois restant à courir entre la cessation de l'activité agricole et la fin de l'année civile.

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