La réglementation dont vous faites état ne relève pas de la directive nitrates sur les zones vulnérables mais de la réglementation sanitaire. Elle s'applique donc à toutes les exploitations.

Selon leur taille, les prescriptions et obligations en matière d'hygiène et de salubrité relèvent soit du règlement sanitaire départemental (RSD), soit de la législation installation classée (ICPE).

Dans votre cas, il faut donc se référer aux dispositions applicables dans le RSD de votre département ou aux prescriptions de votre installation classée.

Dans tous les cas, les dépôts de fumier sont interdits à proximité immédiate des voies de communication. Il semble que, dans votre cas, cette distance minimale soit de 5 mètres. Vous devez donc vous y conformer.