La décision du préfet statuant sur la demande d'autorisation d'exploiter est susceptible de faire l'objet de recours : d'un recours administratif – soit gracieux, devant l'auteur de la décision, soit hiérarchique, devant le ministre de l'Agriculture –, et d'un recours contentieux, devant les tribunaux administratifs.

En cas de recours administratif, la demande doit être envoyée par lettre recommandée avec accusé de réception dans un délai de deux mois à partir de la date de réception de la décision administrative.

En cas de refus, vous conservez la possibilité de saisir le tribunal dans le cadre du recours contentieux.

A l'échéance des quatre mois et sans réponse, vous disposez d'un nouveau délai de deux mois pour déposer un recours devant le juge administratif.

En matière de contrôle des structures, le tribunal statue dans le cadre de la procédure dite de « recours pour excès de pouvoir ». Ainsi, le tribunal a le pouvoir d'annuler la décision prise par le préfet, mais il ne peut accorder l'autorisation à sa place. Dans cette hypothèse, une nouvelle demande d'autorisation doit être adressée au préfet.