La filière porcine franc-comtoise valorise 65 % de ses animaux sous IGP saucisses de Morteau, de Montbéliard, et Porc de Franche-Comté, en vertu d’une tradition d’engraissement au petit lait. Avec 8 400 truies (38 % dans quatre maternités collectives) et 87 000 places d’engraissement (26 % adossées à des laiteries), soit à peine 1 % du cheptel porcin français, elle accuse une perte nette de 4 000 places d’engraissement depuis dix ans. Pour maintenir, voire développer la production, « les enjeux sont de moderniser les bâtiments, dont la moitié ont plus de vingt ans et 12 % plus de trente ans ; de renouveler les générations, car 50 % des éleveurs prendront leur retraite dans une dizaine d’années et une seule installation a eu lieu en cinq ans ; d’améliorer le niveau de performance technique et de mieux valoriser l’origine régionale des porcs », a diagnostiqué Christine Roguet, de l’institut du porc, lors de la dernière journée régionale porcine, à Saône (Doubs).