).
En bactériologie, le premier critère reste la contamination fécale : les germes doivent être inférieurs à 100 unités formant colonie (UFC)/100 ml pour les jeunes animaux par exemple, même si les animaux sevrés acceptent jusqu'à dix fois plus. Le contrôle visuel aide : si les microalgues sont visibles, l'eau est à éviter.
Les eaux de surface sont à proscrire car elles sont très sensibles aux pollutions. Pour Arlette Laval (Ecole vétérinaire de Nantes), « il existe de vrais risques bactériologiques pour les animaux avec des cas avérés de botulisme, de contamination par des salmonelles ou des clostridies quand les animaux s'abreuvent en aval d'un autre élevage par exemple ».
« Les cas de toxicités aiguës sont rares mais spectaculaires, comme les huit vaches foudroyées par le charbon bactérien en 2009 dans le Puy-de-Dôme », confirme Anne Boudon (Inra). Les risques pour les élevages sont donc ceux des pollutions diffuses. La base reste une analyse par an.