La conservation des céréales et oléagineux pour une longue durée impose de prendre certaines précautions avant et lors du remplissage des cellules. Dans un premier temps, le nettoyage complet du circuit de circulation du grain et la désinsectisation des parois et des sols permettent de partir sur des bases saines. Rappelons que les insectes prédateurs des grains ne proviennent pas des champs mais survivent dans les installations. Quand le silo en est exempt plusieurs années, il est possible d'envisager une conservation sans insecticide, même en traitement préventif.

Lors du remplissage des silos, chaque benne de grain devrait au préalable passer par le nettoyeur séparateur. Correctement dimensionné, il ralentit peu le débit de chantier tout en éliminant cailloux, terre, impuretés diverses et surtout les grains verts et déchets humides souvent responsables d'échauffements ultérieurs.

Ce début de moisson, plutôt arrosé, plaide d'ailleurs pour une vigilance accrue et le contrôle régulier de l'humidité des échantillons. Le nettoyage contribue ainsi à l'homogénéité du lot, qui facilite par la suite la ventilation de stockage. Dans chaque cellule devrait également être installé un éclateur de grain, qui évite la formation d'une colonne de remplissage où s'agglutinent les poussières. Une fois la cellule à demi-remplie, la ventilation peut débuter en profitant de la fraîcheur de la nuit, avec pour objectif de ramener la température vers 20°C dans un premier temps. Des sondes raccordées à un boîtier central facilitent le suivi et la décision d'arrêter le ventilateur.