Pour les pathologies les plus fréquentes, l’arsenal destiné aux bovins, porcins et volailles est assez fourni. En porc, le vaccin contre mycoplasma hyopneumoniae a changé la donne dans les années 2000. Désormais, 80 à 90 % du cheptel français est vacciné. Et la rhinite atrophique a été éradiquée. Contre les pathologies digestives, le SDRP et le circovirus, il existe des solutions plus ou moins efficaces. En 2017, un vaccin contre la leptospirose va sortir, qui contribuerait à réduire la consommation d’antibiotiques.

Protection incomplète

Pour autant, la protection n’est pas complète. Ainsi, il n’y a rien contre les infections urinaires de la truie. Pour les vaches laitières, le seul vaccin existant contre les mammites cible uniquement certaines souches de staphylocoques. Il ne vise pas à éliminer les germes mais à limiter les signes cliniques. Néanmoins, s’il ne peut assainir un élevage, il contribue à réduire l’utilisation d’antibiotiques.

En revanche, les espèces « mineures » n’y trouvent pas leur compte. Le marché des petits ruminants est trop étroit pour amortir les demandes d’AMM. Leur salut passe par une adaptation des posologies prévues pour les bovins. « En caprins, nous rencontrons de gros soucis avec la mycoplasmose, contre laquelle il n’y a aucune thérapeutique efficace, illustre Jérôme Despres, vétérinaire dans les Deux-Sèvres. Les souches spécifiques sont très virulentes, certaines mortelles à plus de 80 %. Il faut traiter l’ensemble du cheptel par antibiotique, avec des résultats incertains. » Mêmes difficultés avec certaines pasteurelles, des staphylocoques ou des corynébactéries… La filière compte donc beaucoup sur le retour des autovaccins. C’est aussi le cas pour la filière cunicole. Le lapin, longtemps gros consommateur d’antibiotiques, est dépourvu face aux pathogènes. Il n’existe que deux vaccins antiviraux (myxomatose et maladie hémorragique) et aucun antibactérien, à l’exception d’un autovaccin contre la staphylococcie.

Deux pistes seraient remises au goût du jour : les autovaccins antiviraux et les bactériophages. Reste à faire évoluer la réglementation. Deux demandes tiennent aujourd’hui de la science-fiction : un vaccin simple d’utilisation, avec une unique injection à réaliser, et des vaccins contre les parasites, comme la cryptosporidiose ou la néosporose, les mécanismes immunitaires en jeu étant très complexes. Il existe bien un vaccin contre la teigne depuis une dizaine d’années mais il est peu fréquent.