D’après le service de l’observation et des statistiques du ministère de l’Écologie, « des pesticides sont présents dans la quasi-totalité des cours d’eau français ».

En 2013, 92 % des points de surveillance font état de la présence d’une au moins de ces substances, les rares bassins exempts de pesticides se concentrant dans les zones montagneuses ou dans les zones dont l’agriculture est peu intensive.

La contamination est le fait d’une grande diversité de substances, avec, dans plus de la moitié des cas, au moins 10 pesticides différents retrouvés.

À l’exception de l’AMPA, les teneurs des 15 pesticides les plus fréquemment détectés dans les cours d’eau de France métropolitaine sont en moyenne inférieures à 0,1 μg/l, seuil de potabilité par pesticide, mais des pics importants sont relevés localement, en lien avec les zones de grandes cultures.

Les pesticides incriminés sont souvent les mêmes d’année en année, principalement des herbicides en France métropolitaine et plutôt des insecticides dans les départements d’outre-mer. Certains, utilisés de longue date mais interdits depuis, persistent dans les milieux aquatiques des années après leur retrait.

2013 se démarque des bilans précédents par la présence plus marquée dans les cours d’eau de France métropolitaine d’imidaclopride, insecticide néonicotinoïde.