«Le microbiote intestinal influence la santé, la robustesse, l’efficacité digestive, la sécurité sanitaire des aliments, le développement et la croissance des volailles », énumère Fanny Calenge, généticienne à l’Inra (1). Toute perturbation de cette flore digestive affecte donc la productivité des volailles. D’où l’intérêt du projet MetaChick, démarré l’an dernier, qui vise à séquencer le métagénome (2) du microbiote intestinal des volailles d’élevage, afin d’en mesurer ses fonctions potentielles.

La population bactérienne du tube digestif est essentielle pour la digestion d’aliments non digestibles directement par l’animal qui l’héberge, mais aussi pour la régulation du métabolisme, la mise en place et la régulation de l’immunité, la résistance à la colonisation par des pathogènes, voire le comportement via un effet sur le cerveau. Le microbiote d’animaux malades diffère très souvent de celui d’animaux sains. Les chercheurs essaient donc d’identifier les différents marqueurs qui signent les pathologies, afin de restaurer le microbiote. Certains leviers d’action sont déjà connus pour leurs effets préventifs, comme les prébiotiques, les probiotiques, et l’alimentation en général. La génétique de l’hôte a aussi une influence : la sélection chez les volailles de gènes influençant la composition de son microbiote est possible.

(1) Lors des Journées de la recherche avicole, les 5 et 6 avril 2017.

(2) l’ensemble des génomes de la population bactérienne. La métagénomique consiste à étudier collectivement les gènes, sans les détailler individu par individu.