Le programme Varume (1), piloté par l’Idele (2), a entamé depuis 2015 une évaluation annuelle de la variabilité génétique. « Les races bovines allaitantes ont les meilleurs indicateurs de variabilité génétique au sein des ruminants, indique Coralie Danchin-Burge, chef de projet à l’Idele. Les tailles de population sont importantes et la pression de sélection est moins forte que dans d’autres filières. »

Les indicateurs conçus dans Varume permettent d’estimer cette variabilité par une approche généalogique de type probabilité. « Cette méthode est relativement fiable quand on la compare à celle des indicateurs génomiques, poursuit la spécialiste. Son avantage est d’avoir une vision exhaustive, contrairement à la lecture de l’ADN, qui ne concerne qu’une part de la population. D’autant plus qu’en bovin allaitant, peu d’animaux sont génotypés. »

Remonter les générations

Les indicateurs sont considérés de bon niveau à partir de cinq générations remontées. Dès deux générations et demie, il est possible d’identifier des cas de mauvaise gestion ou de surutilisation d’un reproducteur. En race allaitante, pour une vache née entre 2015 et 2018, on peut remonter à plus de huit générations.

Parmi ces indicateurs figure la pente de consanguinité, très corrélée à celle de la qualité de l’information généalogique. Le niveau de consanguinité n’a pas le même sens selon le nombre de générations remontées. Il s’explique soit par une accumulation de consanguinité ancienne, soit par des pratiques de consanguinité proches, ces dernières étant les plus nocives et source d’anomalies génétiques.

Un autre indicateur utile est le recoupement des généalogies au bout de la troisième génération. « Actuellement, les techniciens ne possèdent pas d’outil informatique leur permettant de calculer un coefficient d’apparentement entre deux individus directement en élevage, explique Julien Mante, chargé du suivi du programme de sélection en limousin. Mais leur expertise dans le domaine des plans d’accouplement, ainsi que la diversité génétique existante, leur permet de gérer la consanguinité des produits à naître en connaissant les trois générations d’ascendants de chacun des parents. »

Le génotypage gagne du terrain

L’intérêt pour la génomique se renforce par le prisme des anomalies. « Pas parce qu’elles sont plus nombreuses, mais parce que le génotypage permet d’identifier les régions du génome responsables de tares beaucoup plus facilement », précise Coralie Danchin-Burge. En charolais notamment, les organismes de sélection ont mis en place une politique de gestion de l’ataxie progressive.

« Ces anomalies font partie du vivant. Il ne s’agit pas de les éradiquer complètement sous peine de créer de nouveaux goulets d’étranglement mais de contrôler leur fréquence avec attention », souligne la spécialiste.

Lucie Pouchard

(1) Variabilité génétique des ruminants et des équidés. (2) Institut de l’élevage.