Le microbiote présent dans le système digestif des animaux d’élevage contribue à la digestion des aliments, mais pas seulement. Il participe aussi à la santé des animaux, car la flore intestinale joue un premier rôle de barrière contre les pathogènes.

Cette dernière intervient dans la défense de l’organisme en permettant le développement du système immunitaire digestif. C’est ce qu’ont montré les chercheurs intervenant à la journée « Immunité et Nutrition », organisée par l’Association française des techniciens de la nutrition animale et des productions animales (Aftaa) au Mans, dans la Sarthe, le 7 décembre dernier. L’alimentation des animaux peut donc soutenir leur flore intestinale, tant pour éviter les déséquilibres du microbiote néfastes à leur santé, que pour lutter contre l’emballement des réactions immunitaires, lui aussi dommageable.

 

1Porc : réguler l’inflammation par l’alimentation

L’inflammation est une réponse immunitaire de la peau et des muqueuses pour éviter l’intrusion de pathogènes. « Chez le porc, de nombreux facteurs peuvent la provoquer », rappelle Nathalie Le Floc’h, vétérinaire à l’Inra Saint-Gilles, en Ille-et-Vilaine. Il peut s’agir d’une dégradation de l’hygiène, d’une hausse de la densité, d’une agression microbienne, d’un taux élevé de mycotoxine ou encore de périodes spécifiques. « Ainsi, cinq jours après le sevrage, on observe une « belle » inflammation chez le porc », illustre la vétérinaire. Utile pour protéger l’animal, elle peut toutefois déraper vers une réponse plus générale de l’organisme si elle n’est pas régulée.

L’alimentation peut alors avoir un rôle essentiel. En effet, l’animal perd l’appétit durant un épisode inflammatoire, mais il puise dans ses réserves pour alimenter son système immunitaire, avec des besoins spécifiques. L’ensemble de son métabolisme est affecté : le glucose est utilisé par les cellules immunitaires, davantage que par les muscles ; la synthèse protéique est soutenue, mais les muscles perdent des protéines tandis que des organes comme le foie et la rate (impliqués dans les mécanismes immunitaires) en gagnent.

Tous les acides aminés ne sont pas utilisés de la même façon. Les chercheurs ont montré qu’un apport triplé en tryptophane réduit l’impact du sevrage chez les porcelets, mais aussi l’inflammation de porcs atteints de lésions pulmonaires. Une hausse de 60 % des apports de cystéine dans l’aliment de porcelets souffrant de colite a un effet quasiment thérapeutique. Les acides gras oméga-3 (à hauteur de 3 % de la ration) jouent également un rôle anti-inflammatoire, tandis que les nutriments antioxydants comme la vitamine E aident l’animal à lutter contre le stress oxydatif généré lors de l’inflammation.

« Mais attention ! Le mode d’action des nutriments est complexe, et un nutriment seul ne va pas tout résoudre », prévient Nathalie Le Floc’h.

2Lapin : façonner le microbiote digestif dès le nid

Le microbiote intestinal influence la santé de l’animal, en assurant un rôle de barrière physique contre les intrusions et de défense immunitaire locale. Une flore digestive diversifiée améliore donc l’efficacité digestive, mais aussi la capacité de l’organisme à réagir face à des pathogènes.

Chez le lapin, il est possible de façonner ce microbiote dès le nid. « Sa communauté microbienne se stabilise vers 49 jours d’âge. Pour orienter cette flore, la fenêtre d’action se referme de fait vers 42 jours », explique Sylvie Combes, ingénieure de recherche à l’Inra de Toulouse et également animatrice de l’équipe Nutrition écosystèmes digestifs.

Le lapin combine deux temps de digestion des aliments : une digestion enzymatique dans la première partie de son système digestif, où il absorbe les nutriments les plus faciles à digérer (protéines, énergie). Puis, la fermentation est assurée par son microbiote dans le cæcum et le colon. Elle produit en particulier des acides gras volatils, essentiellement de l’acétate, qui lui fournit plus du tiers de l’énergie dont il a besoin. Puis, en fin de nuit, le lapin attrape directement à son anus une forme particulière de fèces qui recyclent les protéines bactériennes. « Cette cæcotrophie s’installe avant le sevrage : au moment de l’allaitement, la lapine dépose dans le nid des pelotes fécales qui seront ingérées par les lapereaux », détaille Sylvie Combes. Favoriser le comportement coprophage du lapereau va donc améliorer sa robustesse au sevrage : la mortalité est très fortement réduite et le gain de poids est supérieur. « L’environnement au nid est capital dans l’architecture du futur microbiote : la flore de lapereaux adoptés est plus proche de celle des lapereaux de leur mère adoptive que de celle de leurs frères élevés avec leur mère naturelle. »

La bonne santé du lapin passe donc entre autres par la nutrition, avec un bon apport de fibres (optimum de 1,2 pour le ratio fibres digestibles/fibres peu ou non digestibles) et le recours à des ingrédients de type probiotiques et prébiotiques.

3Cheval : la flore intestinale sensible à un excès d’amidon

Le microbiote intestinal du cheval influence à la fois sa santé, son comportement et ses performances. Lorsque l’équilibre de la flore intestinale est rompu, gare aux coliques ! Ces douleurs abdominales trouvent leur origine dans le gros intestin et constituent la première cause d’urgence et de mortalité chez le cheval.

Dès que l’équilibre de sa flore intestinale est perturbé, le cheval montre une augmentation de sa vigilance : cette modification du comportement signe les premières étapes du stress, explique Pauline Grimm, dont la thèse porte sur le microbiote du cheval athlète. Le système digestif du cheval compte l’estomac, l’intestin grêle puis le gros intestin, ce dernier représentant plus de 60 % du volume total (120 l). La digestion enzymatique, qui concerne notamment les concentrés, est assurée dans les deux premiers compartiments. La digestion microbienne s’effectue principalement dans le gros intestin, en particulier ; la digestion des glucides pariétaux des fourrages, qui arrivent quasiment intacts à ce niveau-là. Or, l’équilibre de l’écosystème bactérien (eubiose) est très fragile chez le cheval. Son déséquilibre (dysbiose) peut induire des pathologies digestives graves : coliques, colites, fourbures, diarrhées.

Les rations riches en amidon sont le principal facteur de risque. Avec un apport de plus de 200 g/100 kg de poids vif par repas, l’amidon ne sera pas intégralement digéré avant le gros intestin. Les bactéries amylolytiques vont donc dégrader l’excès d’amidon dans le gros intestin, ce qui augmente la concentration de lactate ainsi que le nombre de bactéries utilisatrices de lactate. Ainsi, le milieu s’acidifie, c’est une acidose.

C’est ce qui risque de se produire, par exemple, dès que la proportion d’orge dépasse 30 % de la ration : le pH descend dans le gros intestin, atteignant 6,4 contre 6,7 avec un régime foin intégral. La population des bactéries fribrolytiques (dégradant les fibres), très sensibles à l’acidité, se réduit. Les fibres seront donc moins bien digérées, entraînant la formation de bouchons dans le gros intestin à l’origine de colites. Par ailleurs, l’augmentation des fermentations amylolytiques induit la formation de gaz, autre source de colite.