Le porc est une espèce majeure pour la production alimentaire mondiale, souligne l’Inra dans un communiqué le 20 septembre 2016. Il est aussi largement utilisé comme animal modèle en biomédecine. Deux raisons qui ont poussé l’institut de recherche et ses partenaires internationaux (1) à décrypter les gènes du microbiote intestinal porcin.

7,7 millions de gènes

Ce « catalogue des gènes » a été établi à partir du séquençage de l’ADN fécal de 287 porcs provenant de la France, du Danemark et de la Chine, détaille l’Inra. Ces animaux de 17 races ou lignées sont issus de 11 élevages différents dans ces trois pays. « Les données collectées ont permis aux chercheurs d’identifier 7,7 millions de gènes. Un petit sous-ensemble de gènes a été retrouvé chez tous les porcs, confirmant l’existence de gènes bactériens communs mais aussi une importante variabilité individuelle. »

Le sexe, l’âge et la génétique de l’hôte influencent aussi vraisemblablement la composition du microbiote. Les fonctions les plus représentées des gènes concernent les mécanismes liés à l’information génétique (réplication et réparation de l’ADN), au métabolisme (acides aminés, glucides) et à la circulation de l’information (transport membranaire).

Potentiel en recherche biomédicale

Ce décryptage permet de constater que 96 % des fonctions biologiques du microbiote intestinal humain sont également présentes dans le microbiote intestinal du porc, « confirmant le potentiel offert par l’utilisation des porcs pour la recherche biomédicale. Inversement, seulement 78 % des fonctions identifiées dans le catalogue des gènes du porc sont retrouvées chez l’homme, suggérant des fonctions additionnelles dans le système digestif du porc. »

Supprimer les antibiotiques dans l’alimentation

Les chercheurs « ont mis en évidence la présence de gènes de résistance aux antibiotiques chez tous les porcs, indépendamment du pays d’origine ou de la supplémentation en antibiotiques, relève l’Inra. Cependant, ils montrent que la charge en gènes de résistance aux antibiotiques est beaucoup plus élevée chez les porcs chinois, auxquels sont administrés des antibiotiques en continu. Les résultats confirment ainsi l’efficacité d’éliminer l’usage des antibiotiques de l’alimentation animale pour réduire le risque, lié aux pratiques d’élevage, de dissémination dans l’environnement de gènes de résistance aux antibiotiques. »

Le catalogue des gènes du microbiote intestinal du porc prolonge le travail sur le séquençage du génome du porc. « Il permet d’aborder finement les fonctionnalités de l’écosystème microbien digestif du porc, en lien avec les variations physiologiques de l’hôte (efficacité alimentaire, défenses immunitaires, etc.) », ouvrant la voie à de nouveaux axes de recherche en élevage.

E.C.

(1) L’Université de Copenhague (Danemark) ; le Beijing Genomics Institute – Shenzhen (Chine) ; le National Institute of Nutrition and Seafood Research (Norvège).