Le syndicat « s'inquiète de voir que le développement des filières industrielles d'agro-carburants constitue l'essentiel de l'arsenal gouvernemental (...) et que des sommes colossales y sont consacrées » face aux perspectives de changement climatiques liés aux émisssions de gaz à effet de serre.

Il déplore notamment que le plan biocarburants se soit appuyé, selon elle, sur « les études menées par la société Ecobilan, membre du cabinet Pricewaterhouse Coopers, financées par les producteurs de blé, de betterave de colza et de maïs, et dérivant toutes de l'étude ADEME-DIREM 2002 ».

Selon le syndicat, « cette dernière étude révèle un grand nombre d'incohérences et d'erreurs qui remettent en cause ses résultats, et subséquemment l'intérêt énergétique et environnemental des filières industrielles de production d'agro-carburants ».

La Confédération paysanne « demande que cette étude, aujourd'hui très contestée dans les milieux scientifiques alors qu'elle est l'unique alibi des tenants de cette filière, soit revue et corrigée, et que toutes les conséquences de ces corrections soient tirées ».

« Parmi les agro-carburants possibles, les choix ne sont pas faits en faveur de ceux qui présentent le meilleur bilan énergétique » estime la Confédération. Selon elle, « tout se passe comme si on entendait substituer les agro-carburants au pétrole sans jamais se poser la question d'une nécessaire diminution de la consommation d'énergie, dans l'industrie, les transports mais aussi l'agriculture ».