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Les filières animales sur la bonne voie

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La vente d’antibiotiques en élevage a diminué de moitié en quinze ans. L’antibio­résistance suit aussi une tendance à la baisse. Mais le combat doit continuer.

Face au « fléau mondial que représente l’antibiorésistance » et les impasses thérapeutiques qu’elle entraîne, il faut réduire encore la consommation d’antibiotiques, alertait Jean-Philippe Dop, directeur adjoint de l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE), le 16 novembre à Paris. « De tous les antibiotiques, pas seulement de ceux qui revêtent une importance critique en santé humaine », précisait Jean-Yves Madec, de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses). Car il s’avère que de plus en plus de bactéries résistantes à une molécule le sont aussi, bien souvent, à d’autres (multirésistance), du fait d’une sélection simultanée.

Les transmissions interespèces (de l’homme à l’animal ou l’inverse) sont limitées, mais elles existent et peuvent être graves. Ainsi, des cas mortels d’infections à staphylocoque doré résistant à la méticille ont été observés aux Pays-Bas chez des éleveurs porcins et leurs familles, sans pour autant aboutir à sa diffusion dans la population. Des résistances aux molécules les plus récentes ont déjà été observées dans des élevages porcins allemands, alors que ces médicaments ne sont pas utilisés sur les animaux. Le commerce international est une voie de propagation en pleine expansion : les résistances migrent avec les animaux. Ainsi, le gène de résistance à la colistine chez E.Coli a été exporté de Bretagne vers la Tunisie via des poulets de chair. La Suède a vu son taux de résistance dans des élevages de volailles passer de moins de 2 % à 40 % via des poulets importés du Royaume-Uni…

« On retrouve les mêmes bactéries pathogènes chez l’homme et l’animal, et les mêmes antibiotiques, souligne Jean-Yves Madec. Nous vivons tous dans le même écosystème que nous polluons avec des bactéries résistantes ou des molécules encore actives. Le principe de précaution nous impose d’en limiter l’usage. De plus, les échecs thérapeutiques ne concernent pas seulement la médecine humaine. Il y en a aussi en élevage ! On le constate sur des mammites chez des vaches laitières, avec des taux de résistances de staphylocoques dorés à la pénicilline de 30 à 40 %. »

La consommation recule

L’OIE a lancé une base de données mondiale sur l’utilisation des antimicrobiens et l’évolution des résistances sur les animaux. Avec une réglementation restrictive, l’Europe fait figure de bon élève. La France se situe juste sous la moyenne européenne. Des efforts notables ont été accomplis grâce à une politique volontariste de l’État et de certaines filières, en particulier en hors-sol (porc, lapin, volailles). Le plan EcoAntibio de réduction de l’utilisation d’antibiotiques vétérinaires, lancé en 2012 par Stéphane Le Foll, est donc un succès : l’objectif de baisse de la consommation de 25 % en cinq ans (2012-2017) est en passe d’être atteint. Les derniers chiffres font état d’un recul des ventes de 20 % en 2014-2015 par rapport à 2011 (avec 650 t), et de 50 % depuis 1999 ! Un programme interministériel (Agriculture, Santé et Environnement) a également été annoncé le 17 novembre : 330 millions d’euros seront mobilisés sur cinq ans pour réduire la consommation globale d’antibiotiques de 25 % d’ici 2018, ainsi que les conséquences sanitaires et environnementales de l’antibiorésistance. Pour tenir compte de la nature des molécules, leur dosage, la durée de traitement et la masse d’animaux concernés, il est plus précis de mesurer l’exposition des animaux aux molécules (1). Cet indicateur est aussi au vert : il a reculé de 20 % entre 2012 et 2015, et de 13,8 % par rapport à 1999, selon l’Anses. La baisse vaut pour toutes les espèces : -24 % en porc, -22 % en volailles, -17 % en lapins… Concernant les céphalosporines, il est de -21 % en 2014-2015 par rapport à 2013 (-46 % en porc, -21 % en bovins). Pour les fluoroquinolones, le chiffre global est similaire, à -22 % (-23 % en porc et bovin, -15 % en volaille). Pour la colistine, la baisse est de 25 %.

Des alternatives

Conséquence de ces conduites vertueuses, l’antibiorésistance en élevage recule, avec des différences selon les filières, les pathogènes et les molécules (voir encadré ci-contre). Quant au taux de bactéries multirésistantes, là aussi l’évolution est positive, bien qu’insuffisante. Il est désormais faible en volailles (5 %) et relativement contenu chez les porcs (15 %), mais encore élevé chez les bovins, à plus de 20 %.

« On n’éradiquera jamais totalement l’antibiorésistance, prévient Jean-Yves Madec. Ce n’est pas un phénomène nouveau, et il se poursuivra. D’où l’importance de définir des seuils » à ne pas dépasser, selon le contexte et les espèces. Pour autant, tout espoir n’est pas perdu pour nos bonnes vieilles molécules. En retirant un antibiotique du circuit, la résistance contre cette substance disparaît en quelques années. Un choix cornélien, avec des vies humaines en balance…

Et ensuite ? « Il faut proposer des alternatives aux éleveurs, il ne suffit pas de leur dire ce qu’il ne faut pas faire », estime Jean-Yves Madec. Limiter la consommation d’antibiotiques passe avant tout par la prévention : vaccination, moindre concentration d’animaux dans les bâtiments, bonnes pratiques d’hygiène comme le lavage des mains ou l’utilisation de lavettes uniques avant la traite… Certaines habitudes sont à proscrire, tel l’allaitement des veaux avec du lait sous délai d’attente. Mais qui dit bâtiments plus grands, vides sanitaires allongés ou alimentation modifiée, dit coûts supplémentaires, qui doivent être compensés par la réduction des dépenses de santé et des pertes...

Elsa Casalegno

(1) Mesuré via le réseau RésaPath de surveillance de l’exposition aux antibiotiques et des résistances dans les filières animales, piloté par l’Anses.

Quelques résistances dans les élevages français

Chez E. Coli, la résistance aux céphalosporines tourne autour de 6-7 % chez les veaux et les équidés, mais est inférieure à 3 % chez les autres espèces. Avec l’abandon progressif, depuis 2010, de l’utilisation de cette molécule en préventif, le taux de résistance chez les volailles est passé de plus de 22 % à moins de 3 %. Les fluoroquinolones étant davantage utilisées, les taux sont supérieurs : 22 % en bovins, 5 à 7 % en volailles et équins. Chez le porc, la résistance recule vis-à-vis des tétracyclines, mais augmente vis-à-vis des quinolones et de tous les antibiotiques. Chez le veau, ce sont les résistances au triméthoprime qui s’accroissent. Alors que l’usage de la colistine (1) est en décrue, des cas de résistance ont été décrits il y a peu. Mais le taux reste inférieur à 2 %, et la situation est considérée comme maîtrisée. Néanmoins, compte tenu de son importance nouvelle en santé humaine, l’Agence européenne du médicament préconise d’en réduire les ventes de 65 %, et de la classer comme molécule critique.

Les cas de staphylocoques dorés résistants à la méticilline sont encore sporadiques. La fréquence la plus élevée est de 5 % chez les équins. Ils sont rares dans les autres espèces, et en diminution. Les multirésistances restent marginales chez l’animal, contrairement à l’homme. Le problème porte davantage sur la résistance à la pénicilline.

(1) La colistine est très utilisée dans les filières porcine et avicole contre les affections digestives colibacillaires à gram-. Elle devient un traitement de dernier recours en médecine humaine, malgré sa toxicité.

Les lapins se sont pris en main

Après un état des lieux en 2009 avec l’Anses, l’interprofession (Clipp) a lancé en 2011 un Plan de maîtrise de l’usage des antibiotiques, qui conjugue un outil d’autoévaluation pour les éleveurs, et un suivi des exploitations. L’autoévaluation permet de piloter l’élevage, mais aussi de mesurer les progrès accomplis.

La consommation d’antibiotiques  qui partait de niveaux très élevés a chuté rapidement. Entre 2010 et 2015, l’exposition a diminué de 46 % chez les lapines reproductrices, et de 51 % chez les lapins en croissance.

Depuis 2013, la filière bute sur un palier, dû à une pression sanitaire forte et un contexte économique difficile qui freine les investissements, la prophylaxie et les vides sanitaires. Pourtant, le gain économique (moindres dépenses, moins de pertes) compense souvent les frais engagés. De plus, le lapin est une espèce mineure, qui souffre d’une insuffisance de recherche scientifique. Pour passer ce cap, la filière travaille sur la lecture des signes cliniques.

Santé humaine

12 500 décès par an en France seraient dus à des infections causées par des bactéries multirésistantes. Ce chiffre serait de 700 000 au niveau mondial, et il passera à 10 millions en 2050 si ce phénomène continue sa progression.

Les maladies infectieuses sont aujourd’hui responsables de seulement 2 % des décès, alors qu’elles étaient la première cause de mortalité en 1940.

Air, sols et eaux aussi

L’air, les sols et l’eau sont contaminés par des bactéries résistantes, dans une ampleur mal connue. Les épandages d’effluents d’élevage ou de boues de stations d’épuration contenant des bactéries résistantes sont en cause. Il existe aussi un lien entre résistances aux métaux lourds et aux antibiotiques.

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Cet article est paru dans La France Agricole

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