D'après un communiqué de l'agence de l'eau Rhône-Méditerranée-Corse diffusé le 24 septembre 2014, 50 % des rivières du bassin sont en bon ou très bon état. La Corse et les Alpes s'arrogent le plus grand nombre de rivières en bon état de France, tandis que les zones les plus dégradées sont le bassin versant de la Saône, la moyenne et basse vallée du Rhône, le Languedoc et le Roussillon. La France se situe dans la moyenne européenne.

En quatre ans, on constate une progression, avec 16 % de gain de classe de qualité par les rivières. L'agence de l'eau lance par ailleurs un nouveau label « Rivière en bon état » qui récompensera les rivières arrivées à un bon état stable. Un tiers des cours d'eau y sont déjà parvenus. L'agence de l'eau ouvrira en octobre 2014 un appel à candidatures et les premiers panneaux apparaîtront en avril 2015 sur les routes ou aux abords des rivières (plage, sentier de randonnée, camping, base de loisirs...).

« L'état de nos rivières butte sur les pesticides »

« Après un succès – historique – remporté sur les pollutions organiques urbaines dans les années 2000, rappelle l'agence, l'état de nos rivières butte maintenant sur les pesticides. Ils sont la première cause de déclassement de nos cours d'eau, juste devant les déformations du lit de nos rivières et loin devant les autres pollutions. »

Selon l'agence de l'eau, 150 pesticides différents sont retrouvés dans les rivières, mais ce sont les herbicides qui font porter le plus lourd tribut à la vie aquatique. Le glyphosate se retrouve dans les trois quarts des rivières et figure en tête des ventes avec plus de 4.000 tonnes/an sur les bassins Rhône-Méditerranée et Corse. Il dépasse localement jusqu'à 200 fois la norme pour l'eau potable dans les cours d'eau.

Des pesticides interdits depuis dix ans sont toujours là et se retrouvent dans un quart des analyses en rivières. Si leur concentration baisse bien globalement, on en retrouve encore 36 différents (comme les triazines), et leur concentration connaît des ressauts en période d'épandage dans les zones viticoles du Languedoc-Roussillon, de la Bourgogne et du Beaujolais, ce qui ne permet pas d'exclure une utilisation encore actuelle.

Par ailleurs, selon le rapport de l'agence, 40 % des rivières ont un régime hydrologique gravement perturbé dont plus de la moitié par les prélèvements. L'impact est fort sur les grandes zones agricoles du sud du bassin Rhône-Méditerranée ou sur la moyenne vallée de la Durance où la vie piscicole est affectée et les polluants concentrés. On notera les très bons résultats locaux des opérations pilotes qui ont rétabli des débits minimaux à la vie : à l'aval de Lyon, le débit du vieux Rhône a été multiplié par 10 et les poissons d'eau vive (hotu, barbeau, vandoise) reprennent le dessus (à 45 % des poissons contre 15 % auparavant).

Enfin, 54 % des rivières, situées principalement dans les grandes zones agricoles (bassin versant de la Saône, Lauragais) et sur le pourtour méditerranéen, ont vu leur lit défiguré au point d'aggraver les crues et de détruire les habitats de poissons.