Semer tôt et ne pas détruire trop tardivement pourraient être les deux préceptes associés aux cultures intermédiaires. Certaines cultures intermédiaires sont sensibles au gel, comme la moutarde ou le radis. Leur destruction se fait alors naturellement, sans frais. Mais pour la plupart des couverts ou en cas d'hiver doux, les plantes doivent être détruites, soit de façon chimique, soit par voie mécanique.
Le choix de l'une ou l'autre des techniques dépend du développement du couvert et du matériel disponible sur l'exploitation. Le broyage est une solution préconisée pour favoriser la décomposition du couvert après son enfouissement. Si la plante n'est pas très développé, un labour peut être directement envisagé. Il est également possible de ne pas broyer en employant un traitement au glyphosate (environ 2 l/ha). La culture peut ensuite rester en place jusqu'au labour. Les coûts sont sensiblement identiques.