S'il y a une question à laquelle les quatre syndicats répondent de manière quasi unanime, c'est celle des relations avec le ministre de l'Agriculture : ' plus de bas que de hauts ', quand elles ne sont pas franchement ' mauvaises '.Soutenue par la FNSEA et le CNJA, qui défendent l'idée de coresponsabilité, et contestée par les autres, la cogestion est au coeur des débats sur la représentativité syndicale et sur l'organisation du développement agricole, donc des élections aux chambres. La Confédération paysanne, la Coordination rurale et le Modef regrettent par ailleurs que la répartition des représentants de la profession au sein des organismes ou commissions impliqués dans les politiques locales, et notamment les CDOA (commissions départementales d'orientation de l'agriculture), ne reflète pas assez le pluralisme syndicale.