Les Etats membres ont la faculté, s'ils le décident avant le 1er août 2004 de régionaliser les aides découplées, c'est-à-dire de travailler avec des enveloppes régionales et non nationales (une option qui semblait séduire l'Allemagne en juin, mais qui est moins certaine maintenant).
Une région correspond à 3 millions d'hectares minimum.
Outre l'aspect territorial, cette régionalisation entraîne en même temps une mutualisation du paiement unique qui se substituerait, dès lors à la référence individuelle. Autrement dit, cela reviendrait à calculer un paiement unique identique pour tous les hectares à l'intérieur de la zone retenue.
En cas de régionalisation, un agriculteur pourrait demander un paiement découplé sur des surfaces qu'il implanterait en fruits et légumes et en pommes de terre. Ce qui fait hurler les professionnels français du secteur, qui craignent une distorsion de concurrence avec leurs voisins allemands. Car la France, elle, ne semble pas prête à emprunter le chemin de la régionalisation.